توضیحات

تجزیه و تحلیل کامل داده های RNA-seq بدون نیاز به کد نویسی

نام دوره : Your Complete A-Z Guide to RNA-seq with No Coding Required!

پیش نیاز:

• دانش پیشینه زیست شناسی و ژنتیک
• آشنایی با ترکیب و عملکرد DNA و RNA
• علاقه به جنبه بیوانفورماتیک ژنتیک و نحوه کاربرد آن برای درک بیان ژن در شرایط مختلف.

توضیحات:

تا به حال به این فکر کرده اید که کدام فناوری به محققان اجازه می دهد تا نشانگرهای جدیدی از سرطان را کشف کنند یا درک بیشتری از بیماری های ژنتیکی به دست آورند؟ یا حتی چه ژن هایی برای رشد سلولی مهم هستند؟

این معمولاً با استفاده از فناوری توالی یابی نسل بعدی به نام توالی یابی RNA انجام می شود.

در طول این دوره، شما به ابزارها و دانشی مجهز خواهید شد که نه تنها می توانید توالی یابی RNA را بفهمید ، بلکه آن را انجام دهید و کشف کنید که رونوشت یک سلول چگونه در طول چرخه رشد آن تغییر می کند.

برای اجتناب از نیاز به نصب نرم افزارهای پیچیده، تجربه کدنویسی و در برخی موارد سیستم عامل لینوکس، ما از یک ابزار بیوانفورماتیک رایگان به نام Galaxy برای کل تجزیه و تحلیل استفاده خواهیم کرد!

نه تنها این، بلکه از خط لوله STAR نیز استفاده خواهیم کرد که در حال حاضر توسط پروژه ENCODE پشتیبانی می شود!

پس از اتمام دوره تجزیه و تحلیل کامل داده های RNA-seq بدون نیاز به کد نویسی، می دانید که چگونه:

• داده‌های در دسترس عموم را از مقالات مستقیماً در Galaxy بارگیری کنید.
• فایل های خام مورد نیاز برای همترازی ژنوم را بدست آورید.
• تراز ژنوم را با استفاده از ابزاری به نام STAR انجام دهید.
• با استفاده از FeatureCounts جداول شمارش را از تراز خود ایجاد کنید.
• بیان دیفرانسیل را با استفاده از DESeq2 انجام دهید تا بفهمید چه تغییراتی بین یک سلول در روز 4 در مقابل روز 7 رشد رخ می دهد.
• تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن را انجام دهید تا بفهمید چه مسیرهایی به سمت بالا و پایین تنظیم می شوند.
• از Pathview برای ایجاد نقشه‌های KEGG حاشیه‌نویسی استفاده کنید که می‌توان از آنها برای مشاهده مسیرهای خاص با جزئیات بیشتر استفاده کرد.
• از یک ابزار مبتنی بر مرورگر وب به نام DEGUST به عنوان جایگزینی برای استفاده از DESeq2 استفاده کنید.

مبتنی بر عمل

دوره تجزیه و تحلیل کامل داده های RNA-seq بدون نیاز به کد نویسی دارای یک سخنرانی اولیه است که برخی از اصول توالی یابی را توضیح می دهد و توالی یابی RNA را برای چه مواردی می توان مورد استفاده قرار داد.

سپس آن را مستقیما به عمل می بریم! در طول 14 سخنرانی، مرحله به مرحله از بارگیری داده ها به نحوه تفسیر بالقوه داده ها در مراحل نهایی راهنمایی می شوید.

برخلاف اکثر دوره ها، این فرآیند ساده نیست. این پروژه دارای مسائلی در دنیای واقعی است، مانند مقابله با محدودیت‌های کهکشان‌ها و اینکه چگونه می‌توانید با کمی ابتکار از آنها دور شوید!

این دوره برای هر کسی که به توالی یابی نسل بعدی و فناوری هایی که در حال حاضر برای دستیابی به موفقیت در تحقیقات ژنتیکی و پزشکی استفاده می شود، ساخته شده است.

این دوره همچنین برای مبتدیان در RNA-seq در نظر گرفته شده است تا فرآیند کلی را بیاموزند و یک بررسی کامل را انجام دهند که برای داده های خود قابل استفاده است!

دوره تجزیه و تحلیل کامل داده های RNA-seq بدون نیاز به کد نویسی برای چه کسانی است:

• افرادی که عموماً به روش های تحقیقاتی جدید علاقه دارند و دوست دارند خودشان آنها را امتحان کنند!
• بیوانفورماتیکان مبتدی که به دنبال درک فرآیند توالی یابی RNA هستند
• افرادی که علاقه مند به تحقیق در مورد اثرات آسیب شناسی های مختلف بر بیان ژن یا حتی نحوه تغییر بیان ژن در طول منحنی رشد سلول هستند.
• افرادی که به دنبال انجام بیان ژن افتراقی و تجزیه و تحلیل انکولوژی ژن هستند.
• افرادی که می خواهند آنالیز بیوانفورماتیک را بدون نیاز به کدهای پیچیده انجام دهند

بخشی از دوره :