توضیحات

راهنما و آموزش عملی بیوانفورماتیک

نام دوره : Practical Bioinformatics I

پیش نیاز:

• اتصال به اینترنت و یک مرورگر وب.

توضیحات:

یادگیری بسیاری از ابزارها و روش‌های دستکاری به شما کمک می‌کند تا فایل‌ها، اجزای آن‌ها و خروجی‌های آن‌ها را به درستی درک کنید، بنابراین افق‌های خود را در کاربردهای بیوانفورماتیک به طور کلی گسترش می‌دهد.

کاربردهای عملی ما بر روی اسیدهای نوکلئیک خواهد بود

برنامه های مورد استفاده محبوب، رایگان و آنلاین (اکثریت) یا نرم افزارهای نصب شده بر روی تمامی سیستم عامل ها هستند.

در بخش اول، توالی سنجی DNA سانگر به دلیل اهمیت زیادی که تاکنون با وجود روش قدیمی دارد، مورد بحث قرار می گیرد و در این قسمت در مورد موارد زیر صحبت خواهیم کرد:

• توضیح روش Sanger Sequencing، فایل هایی که تولید می کند، مشکلات و علل آنها.
• یک برنامه کاربردی برای باز کردن و دستکاری فایل های Sanger Sequencing با استفاده از سه برنامه مختلف.

بخش دوم دوره راهنما و آموزش عملی بیوانفورماتیک در مورد توالی با توان بالا بحث می کند که اساس تحقیقات اخیر آنالیز اسید نوکلئیک است و در این قسمت در مورد موارد زیر صحبت خواهیم کرد:

• روش‌های متداول توالی‌یابی با توان بالا عبارتند از Illumina، Ion Torrent، Pacific Biosciences و Oxford Nanopore.
• کاربردهای مختلف توالی یابی با توان بالا در زمینه های مختلف.

بخش سوم فایل‌های بیوانفورماتیک را مورد بحث قرار می‌دهد، که مواد اولیه زیست‌شناسان است که در آن توالی‌ها، ترازها، تغییرات و حاشیه‌نویسی‌ها ذخیره می‌شوند. فایل هایی که عمدتا یافت می شوند عبارتند از:

• FASTQ
• FASTA
• Genbank
• GTF/GFF3
• بستر
• SAM/BAM
• BCF/VCF

قسمت های چهارم تا آخر کاربرد عملی بر روی فایل های فوق با استفاده از برنامه های مختلف از بسته های آنلاین مانند:

• مجموعه دستکاری توالی 2.
• EMBOSS.
• بسته‌ها در پلتفرم Galaxy:
• Seqtk.
• وسایل تخت خواب.
• سمتولز.
• Bcftools.

دوره راهنما و آموزش عملی بیوانفورماتیک شامل برنامه های زیادی است، که برخی از آنها در دستکاری اولیه هستند و با جزئیات توضیح داده شده اند،

و برنامه های دیگر برای کمک به درک واضح مثال ها یافت شد، و اینها با جزئیات توضیح داده نشدند بلکه برای انجام یک عملکرد خاص مورد استفاده قرار گرفتند.

دوره راهنما و آموزش عملی بیوانفورماتیک برای چه کسانی است:

• دانشجویان علوم زیستی