توضیحات
آموزش جامع تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq با R و پایتون
نام دوره : Learn Single-Cell RNA-Seq Data Analysis Using R & Python
پیش نیاز:
- هیچ تجربه قبلی در زمینه توالییابی RNA تکسلولی (scRNA-seq) لازم نیست. این دوره از مفاهیم پایه شروع میشود و تمام مباحث را بهصورت گامبهگام آموزش میدهد.
- داشتن آشنایی اولیه با زیستشناسی یا ژنومیک مفید است، اما الزامی نیست؛ تمامی مفاهیم زیستی موردنیاز به زبان ساده توضیح داده میشوند.
- نیازی به تجربه برنامهنویسی با R یا Python ندارید؛ نحوه استفاده از هر دو زبان برای تحلیل دادههای بیوانفورماتیکی بهطور کامل آموزش داده میشود.
- یک رایانه با دسترسی به اینترنت (ویندوز، macOS یا لینوکس) برای نصب نرمافزارهای رایگان مورد استفاده در دوره مانند R، RStudio و Python کافی است.
- تنها چیزی که نیاز دارید، علاقه به یادگیری و بررسی دادههای واقعی زیستی با استفاده از ابزارهای مدرن بیوانفورماتیک است.
- آشنایی با خط فرمان یا RNA-Seq میتواند روند یادگیری را سریعتر کند، اما کاملاً اختیاری است.
توضیحات
آموزش جامع تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq با R، Python، ابزارهای گرافیکی و پلتفرمهای ابری
اگر به دنیای بیوانفورماتیک، ژنومیک و زیستشناسی محاسباتی علاقهمند هستید و میخواهید یکی از مهمترین فناوریهای روز دنیا را بهصورت عملی یاد بگیرید، این دوره دقیقاً برای شما طراحی شده است.
Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq) یکی از پیشرفتهترین فناوریهای ژنتیکی است که امکان بررسی بیان ژن را در سطح تکسلول فراهم میکند.
برخلاف روشهای سنتی Bulk RNA-Seq که میانگین بیان ژن هزاران سلول را اندازهگیری میکنند، در این فناوری میتوانید تفاوتهای سلولی، سلولهای نادر، مسیرهای تکامل سلولی و تغییرات مرتبط با بیماریها را با دقت بسیار بالا بررسی کنید.
در این دوره از ابتدا با مفاهیم پایه آشنا میشوید و سپس بهصورت کاملاً عملی، فرآیند کامل تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq را با استفاده از محبوبترین ابزارهای متنباز یاد میگیرید.
تمام مراحل با مثالهای واقعی و پروژههای عملی آموزش داده میشوند تا بتوانید پس از پایان دوره، دادههای پژوهشی خود یا سایر پروژههای علمی را بهصورت مستقل تحلیل کنید.
در طول دوره علاوه بر یادگیری مفاهیم زیستی، با اصول بیوانفورماتیک و روشهای تحلیل دادههای ژنومی نیز آشنا خواهید شد.
همچنین نحوه استفاده از ابزارهای برنامهنویسی و محیطهای گرافیکی برای انجام تحلیلها به شکلی کاملاً کاربردی آموزش داده میشود.
آنچه در دوره آموزش جامع تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq با R و پایتون یاد خواهید گرفت:
- آشنایی کامل با فناوری Single-Cell RNA Sequencing و تفاوت آن با Bulk RNA-Seq
- شناخت کاربردهای scRNA-seq در سرطان، ایمنیشناسی، علوم اعصاب، پزشکی بازساختی و سایر حوزههای زیستی
- یادگیری مبانی بیوانفورماتیک و تحلیل دادههای تکسلولی
- نصب و راهاندازی R، RStudio و Python
- آموزش مقدماتی برنامهنویسی R ویژه تحلیل دادههای زیستی
- مدیریت دادهها و رسم نمودارهای حرفهای با ggplot2
- کار با بسته قدرتمند Seurat برای تحلیل دادههای تکسلولی
- انجام کنترل کیفیت (Quality Control)، نرمالسازی، مقیاسبندی و کاهش ابعاد دادهها
- استفاده از روشهای PCA و UMAP برای نمایش و تحلیل دادهها
- خوشهبندی سلولها و شناسایی ژنهای شاخص
- تعیین نوع سلولها (Cell Type Annotation)
- تحلیل کامل دادههای scRNA-seq با استفاده از Python و کتابخانه Scanpy
- آشنایی با scVI-tools و مدلهای پیشرفته مانند scANVI
- اجرای کامل Pipelineهای تحلیل در محیط Python
- استفاده از ابزارهای گرافیکی بدون نیاز به برنامهنویسی
- کار با پلتفرمهای ابری مانند Galaxy، Cellxgene و CodeOcean
- دانلود و تحلیل مجموعه دادههای واقعی از پایگاه GEO
- استخراج نتایج زیستی قابل تفسیر از دادههای پیچیده ژنومی
- یادگیری بهترین شیوههای تحلیل دادههای تکسلولی مطابق استانداردهای پژوهشی
یکی از مهمترین ویژگیهای این دوره، استفاده از دادههای واقعی پژوهشی است.
بهجای کار با مثالهای ساده، روی مجموعه دادههای منتشرشده در پایگاههای معتبر بینالمللی کار خواهید کرد و دقیقاً همان مراحلی را انجام میدهید که پژوهشگران و متخصصان بیوانفورماتیک در پروژههای واقعی انجام میدهند.
علاوه بر آموزش برنامهنویسی، مسیرهای بدون کدنویسی نیز پوشش داده میشوند؛ بنابراین حتی اگر هیچ تجربهای در برنامهنویسی نداشته باشید، میتوانید با استفاده از ابزارهای گرافیکی تحلیلهای حرفهای انجام دهید.
در پایان این دوره، قادر خواهید بود از مرحله دریافت دادههای خام تا تحلیل کامل، خوشهبندی، شناسایی انواع سلولها، تفسیر نتایج و تهیه خروجیهای علمی را بهصورت مستقل انجام دهید.
همچنین مهارت لازم برای استفاده از ابزارهای R، Python، Seurat، Scanpy، Galaxy و سایر پلتفرمهای رایج بیوانفورماتیک را کسب خواهید کرد و آمادگی ورود به پروژههای تحقیقاتی، پایاننامهها و فعالیتهای حرفهای در حوزه بیوانفورماتیک و ژنومیک را خواهید داشت.
دوره آموزش جامع تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq با R و پایتون مناسب چه کسانی است؟
- دانشجویان رشتههای زیستشناسی، بیوتکنولوژی، ژنتیک، پزشکی و بیوانفورماتیک
- پژوهشگرانی که قصد تحلیل دادههای Single-Cell RNA-Seq را دارند.
- افرادی که میخواهند برنامهنویسی R و Python را در حوزه بیوانفورماتیک یاد بگیرند.
- متخصصان علوم داده که علاقهمند به ورود به حوزه زیستشناسی محاسباتی هستند.
- دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری که روی دادههای ترنسکریپتومی کار میکنند.
- پژوهشگران و متخصصانی که میخواهند مهارتهای خود را در تحلیل دادههای تکسلولی ارتقا دهند.
- تمامی علاقهمندان به ژنومیک، تحلیل دادههای زیستی و فناوریهای نوین پزشکی.
یودمی ایران –
دوره درخواستی خود را از راه های ارتباطی درخواست کنید